Der FFAK besteht aus einem multiprofessionellen Dozent*innenteam mit rund 20, teilweise wissenschaftlich tätigen Kliniker*innen und Praktiker*innen (Psycholog*innen, Mediziner*innen, Diplompädagog*innen, Lehrer*innen). Sie sind in unterschiedlichen Institutionen und Kontexten tätig: in psychosomatischen und psychiatrischen Kliniken, in Beratungsstellen, Praxen für Psychotherapie und Paar- und Familientherapie sowie im Kinder- und Jugendhilfebereich. Darüber hinaus sind sie als Supervisor*innen im gesamten psychosozialen Feld tätig.
Die Organisation des FFAK zeichnet sich durch eine flache Hierarchie aus. Ihr Entscheidungsgremium ist das Leitungsteam, das aus 3 Lehrtherapeut*innen besteht. Es entwickelt Konzepte und klärt organisatorische Fragen, unterstützt durch die sogenannte Lenkungsgruppe, erfahrene, langjährige FFAK Lehrtherapeut*innen und Dozent*innen.
Die formale Basis des FFAK ist der gemeinnützige Freiburger Familientherapeutische Arbeitskreis e.V. mit ca. 15 Mitgliedern, der im Jahr 1993 gegründet wurde.