Der FFAK besteht aus einem multiprofessionellen Dozent*innenteam mit rund 20, teilweise wissenschaftlich tätigen Kliniker*innen und Praktiker*innen (Psycholog*innen, Mediziner*innen, Diplompädagog*innen, Lehrer*innen). Sie sind in unterschiedlichen Institutionen und Kontexten tätig: in psychosomatischen und psychiatrischen Kliniken, in Beratungsstellen, Praxen für Psychotherapie und Paar- und Familientherapie sowie im Kinder- und Jugendhilfebereich. Darüber hinaus sind sie als SupervisorInnen im gesamten psychosozialen Feld tätig.
Die Organisation des FFAK zeichnet sich durch eine flache Hierarchie aus. Ihr Entscheidungsgremium ist das Leitungsteam, das aus 3 Lehrtherapeut*innen besteht. Es entwickelt Konzepte und klärt organisatorische Fragen, unterstützt durch die sogenannte Lenkungsgruppe, erfahrene, langjährige FFAK Lehrtherapeut*innen und Dozent*innen.
Die formale Basis des FFAK ist der gemeinnützige Freiburger Familientherapeutische Arbeitskreis e.V. mit ca. 15 Mitgliedern, der im Jahr 1993 gegründet wurde.